MES系統位于整個系統中的執行層，主要負責生產管理和調度執行。MES強調整個生產過程的優化，它需要收集生產過程中大量的實時數據，并對實時數據及時處理。同時又與計劃層和控制層保持雙向通信能力，從上下兩層接收相應數據并反饋結果和生產指令。
MES系統主要功能
生產管理模塊包括生產計劃查詢、任務管理、作業調度和過程管理四個子模塊。其中，生產計劃查詢子模塊首先應當想用戶提供船廠各級生產計劃的查詢，包括企業生產計劃、車間作業計劃和班組作業計劃;其次，任務管理模塊還應提供車間任務管理功能，包括調度員向系統添加和刪除任務以及車間生產人員查詢具體任務;作業調度子模塊應具備作業調度功能，包括用戶排產查詢以及作業任務的動態優化調整;過程管理子該模塊應當對整個造船生產具有過程管理功能，包括底層生產監控和錯誤的糾正。
資源管理模塊包含人員管理、設備管理和原材料管理三個子模塊。其中，人員管理功能應當能夠實時地向系統提供船廠員工狀態信息，且向相關權限的用戶提供員工通訊錄(包括辦公室電話、手機號碼、船廠局域網內電子郵箱地址等)的查詢;設備管理子模塊應能夠提供車間中所有生產設備生產能力的統計數據，以方便調度員對生產任務進行分配與調整，且該功能還應當能夠提供生產設備的實時狀態跟蹤;原材料管理模塊要能夠反映船廠的物資采購計劃，能夠對船廠中的各種BOM進行動態地管理，能夠對庫存情況進行一定程度的分析與預測。
數據管理模塊包含數據采集、文檔控制和產品追蹤三個子模塊。其中數據采集功能是整個船舶制造執行系統發揮功能的基礎子模塊，系統所涉及到的絕大部分數據都來自于該模塊，所以數據采集模塊既要有自己合理的信息輸入方式，還應當與數據庫建立良好的接口關系，以便調用相關數據;文檔控制功能主要是實現船廠中不同用戶對生產指令、生產標準、生產圖紙的查詢與調用以及作業更改單的科學管理。
質量管理模塊主要包含工序質量檢驗、成品質量檢驗和不合格反饋三個子模塊。其中，工序質量檢驗模塊中包括了目標工序、相應加工部門編號、檢驗成果分析及現場檢驗員編號等，與相應數據對應，能夠及時準確地對現場工序部門進行遠程監控及不合理工序調整。在產品完工后，同樣有相應的數據庫對其進行記錄，為便于管理者查詢及管理，在成品質量檢驗模塊中包括了成品編碼、加工部門編號、成品檢驗成果及相應的現場檢驗員。
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